Частный музей, созданный в 1930 году Антонисом Бенакисом и названный в честь его отца Эммануила. Музей Бенаки представляет обширную коллекцию археологических находок, акцент которой сделан на предметах греческого искусства. Собрание охватывает исторический период от эпохи палеолита и неолита и до настоящего времени. Наиболее ценным ядром коллекции являются предметы минойской и микенской цивилизаций, изделия раннего эллинского периода. Их дополняют находки более поздних эпох: изделия из металла, дерева, керамики, образцы текстиля, ювелирные украшения, старинные иконы, церковная утварь, картины, скульптуры и гравюры. Кроме того, в коллекции демонстрируются предметы китайского, исламского и андского искусства (доколумбовой эпохи).
Музей Бенаки располагает также собранием картин известного художника Эль Греко. Сотрудники учреждения регулярно организуют выездные выставки. При музее работают собственные реставрационные мастерские, библиотека, детский уголок, кафе с открытой террасой на крыше.