Пещера Мелидони расположена в горах на высоте 230 м и известна в первую очередь своей богатой историей. В ходе проведенных раскопок здесь были обнаружены предметы, относящиеся к позднему палеолиту.
Длительное проживание в пещере людей нашло отражение в древнегреческих мифах. Согласно легенде, в пещере Мелидони скрывался мифический великан Талос. В Минойскую эпоху здесь проводили языческие обряды поклонения. Современное ее название возникло во времена правления венецианцев и связано с переписью, которая установила, что в деревне поблизости проживает тысяча женщин (milledone).
В 1823 году во время нападения турков на деревню в пещере укрылось множество крестьян, но захватчики разожгли костры и мирные жители задохнулись в дыму. Современным посетителям об этом трагическом событии напоминает братская могила и памятный знак у входа. Три крупных зала пещеры украшают монументальные сталактиты. Рядом с ней находятся действующая часовня и кафе.