Недорогие места есть, вы их увидите по скоплению людей. Внешней недорогое заведение можно отличить и по тому, что меню с ценами выставлено на улице, есть фото и муляжи блюд. На уличной еде цены везде написаны, так что сориентируетесь. Есть и привычный европейцам фастфуд, пиццы. Рекомендую для знакомства с почти японской кухней рестораны Сайзерия, они разбросаны по многим районам
Токио, где ближайший можно посмотреть на их сайте
http://www.saizeriya.co.jp/ Там встречаются, общаются студенты, очень демократичные цены и вкусно. Чаевые в ресторанах не дают, сразу включают в счет. Даже в дорогих ресторанах в обед бывает доступный по стоимости тэйсёку -поднос с "комплексным обедом" Закуска,суп из соевой пасты мисосиру, рис, остренькое что-нибудь.