JR Pass оправдывается уже после поездок в аэропорт + 2-3 города, так что с ним будет дешевле. Наверное, лучше брать на 7 дней, раз вы сначала побудете в
Токио. Начало действия считается от первой поездки, так что маршрут правильно распределите, придется из аэропорта его еще не использовать или Токио отложить на конец поездки.