Если у вас 2 полных дня, можно в один взять автобусную обзорную экскурсию (правда, на русском нет, это только заказывать у частного гида) Здесь про автобусные экскурсии:
http://www.skybus.jp/. Если решите сами перемещаться на метро, то тоже несложно. Начните с подъема на Токийскую башню, внизу у нее есть аквариум, другие интересные места. Потом пройти по старому кварталу Кабуки-те и пойти в парк Уэно. К вечеру добраться до центральной улицы Гинза и там погулять часов до 9. Затем переехать на остров Одайба в японскую баню Ooedo-Onsen-Monogatari. Минеральные ванны на открытом воздухе, парилки. бани открыты всю ночь (парилки), бассейны до 24.Отлично восстановят силы.
На следующий день возможен маршрут: Императорский дворец, Асакуса, храм Сэнсодзи, парк Хама рикю (HAMA RIKYU KOEN), Одайба. Чтобы все успеть, нужно четко составить маршруты, заранее просмотреть гугл-карты или другие. Вот посмотрите путеводитель.
http://www.japan-guide.com/