Как съездить в Японию?

тоже пытаюсь узнать)

Отделим мух от котлет :) Т.е. наиболее "дешевое" время для поездки и самостоятельно.
Самая дешевая поездка выйдет, конечно же в "несезон" - это либо февраль март либо июнь.
Февраль - март, относительно холодный в Японии, ничего значимого не цветет, а в июне - сезон дождей. Туристов в это время меньше всего и цены на проживание наиболее привлекательны. Правда не подумайте, что они в это время совсем дармовые, это не так.
Да, раньше Аэрофлот еще делал хорошие скидки на билеты с Ноября по Апрель, если их выкупать в ноябре (вроде), сейчас цены на перелет и так прилично снизились, будет ли в этом году скидка пока не ясно.

Самостоятельно вы все равно будет делать визу, вариантов много, о них я написал в теме про визы. Визы у японского туроператора сейчас вполне адекватные, при этом вы находясь в Японии будет точно знать кто ваш гарант.