Не все посетители, входящие на территорию Ботанического сада, имеют цель прогуляться по красивым аллеям, насладиться облагороженной природой и достижениями ботанической науки. В центре ботсада, как его скрытая тайна, есть умиротворяющий уголок, где находится Ионинский монастырь. Как Ботанические сады украшают города и страны, так этот монастырь одна из достопримечательностей сада. Ученые стремились превратить территорию Ботаническогосада в одно из самых живописных мест столицы Украины, но Вторая мировая война не позволила закончить работы. Она послужила одной из причин, как уцелел храм Троицкого Ионинского монастыря, на месте которого запроектирован был экскурсионный зал-музей.
Основателем этого монастыря был преподобный Иона (Мирошниченко), подвижник и чудотворец, проживший и творивший чудеса более 100 лет. В молодости он состоял келейником у Св. Серафима Саровского. Став монахом Выдубицкой обители, о. Иона обустроил для себя на возвышенности над монастырем отшельнический скит. Здесь и была создана в 1864 году Троицкая обитель, в чем о.Ионе содействовала его духовная дочь - Екатерина Васильчикова. Княгиня Екатерина Васильчикова, жена генерал-губернатора Киева, переоформила дарственную на свою дачу - в пользу будущего монастыря и пожертвовала 10 тысяч рублей на его обустройство.
Однако, монастырь мог быть создан, только после его учреждения царем. Заручившись поддержкой митрополита Филарета, Васильчикова едет в Петербург с прошением Александру II. Но тому нашептали придворные, что в Киеве и так обителей «премного». Именно при рассмотрении этого вопроса, царь в перерыве вышел погулять в Летний сад, где на него произошло покушение террориста Каракозова. Он выстрелил в Императора в упор, но пуля ушла в сторону. Потрясенный Александр II быстро вернулся во дворец и при всех сказал: «А что, господа, монастыря не надо? А я вижу — промысл Божий и молитвы нового монастыря спасли меня от смерти, а Россию — от страшного потрясения» — и подписал прошение об учреждении нового монастыря. Тем же указом отец Иона был определен настоятелем.
Свято-Троицкий Ионинский монастырь основан в 1864 г., к 1917 г. являлся крупнейшим после Лавры монастырём Киева. В 1871-м построили монастырский храм, Троицкую церковь. Со временем территория обросла кирпичными и деревянными строениями. Что показательно, сначала построили приют на 30 сирот, школы, больницу, только потом кельи для монахов. Некоторые строения частично уцелели до наших дней.
Среди монахов были искусные столяры, бондари, кузнецы и прочие мастеровые люди, выполнявшие заказы киевлян. Этот промысел, а также обильные пожертвования прихожан обеспечивали насельников и жизнь обители. В начале XX века в монастыре насчитывалось около 800 насельников, то есть по численности он стал вторым после Киево-Печерской Лавры. Это не считая сирот и убогих, постоянно опекаемых обителью, а также паломников. Монастырь был очень богатым, владел множеством земель, которые отписывали ему богатые прихожане. Ежегодно в монастырь, который народная молва называла «монастырем отца Ионы», приходило до полумиллиона паломников со всей России.
В начале ХХ века в обители началось строительство колокольни, которую хотели создать самой высокой в Киеве -110 м. Для сравнения, высота Большой колокольни Киево-Печерской лавры равна 96 м. Но после революции, начатые ярусы разобрали на кирпич, и низкоэтажная колокольня из-за своей приземистости смогла пережить войны и избежать разрушения.
Для колокольни в 1896 году на колокольном заводе Самгина отлили колокол в 1150 пудов - самый большой в то время в Киеве, и несколько «мелких», по 57 пудов. Часть из них исправно служит до сих пор. Своими резными деревянными украшениями колокольня напоминает то ли дачную беседку, а больше сказочный теремок.
В XX веке на это территории был организован Государственный Ботанический сад. Монахи до последнего отказывались покидать монастырь. По инициативе архимандрита Иова Ионониский монастырь даже переоформили в церковно-трудовую артель «Труд». Потому Троицкий храм, хоть отошел после закрытия обители к ботсаду, прилежно поддерживался хотя и не по церковному предназначению - планировали музей ботаники устроить, так и уцелел.
Над входом в храм красивая мозаика с изображением святых.
25 июля 1999 года был установлен крест на месте явления Божией Матери настоятелю Ионе.
На башне монастыря находятся самые древние и дорогие башенные часы Киева. Они были изготовлены в Париже в 1858 году и попали в Киев благодаря французскому писателю Оноре де Бальзак.
У него очень многое было связано с Российской империей, несколько раз приезжал. Легенда гласит, что эти куранты были подарены Оноре де Бальзаком своей возлюбленной Эвелине Ганской. Они поженились почти через 20 (!) лет переписки и редких встреч, так как она все это время была замужем за Ганским и строгих правил верной женой. Только после смерти первого мужа и улаживания дел по наследству ради дочери, она смогла стать женой Оноре. Обвенчались в Бердичеве, увез ее в Париж, но всего 4 месяца прожили вместе, там он и умер.
Часы изначально находились у Ганской в имении, а потом уже как-то попали в монастырь. Часы оберегал иеромонах Димитриан, даже когда власти разогнали священников. Он был настолько предан своему монастырю, что не захотел его покидать и устроился в ботсад разнорабочим. Тут он проработал до 1970 годов, каждый день присматривая за часами, берег их, раз в неделю заводил и смазывал детали. Возобновили богослужения в храме после его реставрации в 2000 годах. И многие входящие в ворота Ботанического сада идут не гулять, на скамейках сидеть, а на службу в храм.
25 июля 1999 года был установлен и освящен крест на месте явления Божией Матери настоятелю Св.Ионе.
Киевские Ботанические сады - рукотворные музеи истории мира растений и садоводства. В отличие от археологических музеев или им подобным, это «музей» живой. Ботсад на Печерских холмах устроили, где раньше занимались ремеслами, молились и любовались прекрасной природой.