Морской музей Крита находится на берегу исторической гавани Ханьи, где было провозглашено о присоединении острова к Греции. Собрание учреждения насчитывает 2500 экспонатов, размещенных в хронологическом порядке. Основу коллекции составляют детализированные модели судов бронзового века, римской и византийской эпохи, времен борьбы за независимость и периода Второй Мировой войны. Среди них выделяется полноразмерный макет корабля минойской эпохи, выставленный в отдельном сухом доке.
Помимо этих экспонатов в Морском музее Крита можно увидеть оригинальную корабельную оснастку, судостроительные инструменты, навигационное оборудование, картины на морскую тематику, раковины моллюсков, извлеченные со дна моря бутылки с письмами, модель порта королевства Кандии (официальное название Крита в период венецианского господства).
Музей располагает собственной библиотекой и магазином. В нем действуют специальные обучающие программы для детей и лиц с ограниченными возможностями, проводятся экскурсии.