Исторический музей в Ираклионе отражает этапы развития человеческой цивилизации на острове за последние 4 тысячи лет. Его экспозиция разделена на 22 тематических зала, каждый из которых освещает влияние того или иного этноса на критскую культуру. Наиболее богат зал, посвященный развитию христианства: здесь можно увидеть старинные иконы, фрагменты византийских мозаик и церковных фресок. Особую ценность представляют мраморные барельефы из базилики святого апостола Тита – выдающегося ученика апостола Павла, много проповедовавшего критянам.
В зале, посвященном венецианскому периоду, демонстрируется фонтан, послуживший прообразом для Бахчисарайского фонтана. Кроме того, в коллекции Исторического музея в Ираклионе можно увидеть еврейские и мусульманские надгробия, изразцы из мечетей, гербы, собрание керамики, картины Эль Греко. При музее работает библиотека, проводятся конференции.