Музей естественной истории Крита расположен в индустриальном здании, охраняемом как памятник архитектуры. Площадь его экспозиций составляет 6 тысяч кв. м. Коллекция учреждения освещает эволюцию живых существ на острове с доисторических времен и до настоящего момента. В залах музея представлены палеонтологические находки (яйца и скелеты динозавров), чучела крупных обитателей Восточного Средиземноморья (медведей, кабанов), а также коллекция живых рептилий и амфибий. Диаграммы отличаются высоким мастерством исполнения.
При Музее естественной истории Крита функционирует планетарий и Исследовательская зона, где дети могут принять участие в «раскопках», а также мультимедийный зал на 100 мест, в котором проводят конференции и презентации. Изюминкой экспозиции является уникальный Зал сейсмических таблиц, где посетители могут не только ознакомиться таблицей Рихтера, но и испытать на себе силу землетрясений до 6 баллов с помощью специального симулятора.