Морской музей в Калининграде владеет крупнейшей в России специализированной коллекцией морских организмов. В его фондах насчитывается свыше 100 тысяч экспонатов, среди которых встречаются уникальные экземпляры. Основу собрания составляют чучела различных рыб. В залах музея наиболее полно представлены обитатели Атлантики, Тихого океана и арктических вод. Под потолком Центрального зала в специальных сосудах подвешены скелеты самых крупных обитателей морей.
У посетителей традиционно наибольший интерес вызывают чучела акул и причудливых глубоководных рыб, которые никогда не встречаются у поверхности воды. Некоторые из выставленных здесь животных были открыты советскими учеными и описаны в единственном экземпляре. Помимо рыб в Морском музее в Калининграде демонстрируются раковины редких моллюсков, образцы ракообразных, иглокожих животных, губок и кораллов. Здесь также можно видеть ископаемые останки разнообразных морских организмов, челюсти вымерших акул и китов.