Новороссийский исторический музей-заповедник включает несколько тематических подразделений. По главному адресу находится выставка "История г. Новороссийска", рассказывающая о заселении этих мест начиная с эпохи палеолита и заканчивая современной эпохой.
В филиале Новороссийского исторического музея-заповедника, расположенном по адресу ул. Ленина, 59, можно ознакомиться со следующими стационарными экспозициями. Выставка "Старый Новороссийск" представляет вниманию посетителей интерьеры XIX века, включая фотоателье, торговую лавку и двор купеческого дома. Выставка "Историческое золото и серебро" знакомит с ценными археологическими находками. Здесь демонстрируются античные, византийские и европейские средневековые монеты, российские награды, оклады икон, золотая и серебряная посуда. Выставка "Природа Новороссийского района" освещает богатство местной фауны и флоры. В музее проводятся обзорные, тематические, интерактивные и театрализованные экскурсии.